Az Alkalmazott Optika Osztály fejlesztőmunkával foglalkozik a lézer alkalmazások területén, például részecske számlálók építésével, femtoszekundumos analitikai technikákkal, kristálynövesztéssel és alkalmazott spektroszkópiával. Ezek a csoportok aktívan részt vesznek az Extreme Light Infrastructure (ELI) programban. A Lézeres méréstechnikai és környezetvédelmi szolgáltató laboratórium az intézetben kifejlesztett és pályázati támogatásból beszerzett mérőműszerek és eszközök segítségével végez lézeres és környezetvédelmi méréseket külső megrendelésre.